Игумены:
- Иосиф Волоцкий (1479—1515)
- Даниил Рязанец (1515—1522)
- Герасим (Ленков) (1522) после 2 месяцев оставил игуменство
- Нифонт (Кормилицын) (1522—1543)
- Гурий (Руготин) (1544—1551)
- Галактион (1552—1558)
- Пимен (Садыков) (1558—1561)
- Вавила (1562)
- Леонид (Протасьев) (1563—1566)
- Лаврентий (1566—1568)
- Леонид (Протасьев) (1568—1573)
- Тихон (Хворостинин) (1573—1575)
- Евфимий (Турков) (1575—1587)
- Варлаам (Белковский) (1587) 3,5 месяца
- Евфимий (Турков) (1587) 5 месяцев
- Левкий (1587—1590)
- Иоасаф (1590—1592)
- Вассиан (1593—1595, 1599—1601)
- Геласий (1595—1599)
- Нил (1602—1604)
- Арсений (1605—1623)
- Мисаил (1623—1624)
- Левкий (1625—1634)
- Макарий (1634—1641)
- Зосима (1642—1652)
Архимандриты:
- Иов (1652—1654)
- Тихон (1654—1661)
- Корнилий (1661—1666)
- Савватий (1666—1668)
- Гермоген (1668)
- Герасим (1668—1673)
- Корнилий (1673—1681)
- Александр (1682—1685)
- Тимофей (1685—1687)
- Иоасаф (1687—1688)
- Ефрем (1689—1690)
- Николай (1690—1694)
- Алексий (1695—1702)
- Герман (1702—1722)
- Иоаким (1722—1723), (1728—1738)
- Мелхиседек (Борщев) (1723—1727)
- Сергий (Прозоровский) (1727—1728)
- Варлаам (1739—1745)
- епископ Серапион (Лятошевич) (1745—1753) имел пребывание в монастыре и управлял им; архимандрита не было
- Панкратий (Чарныйский) (1753)
- Пахомий (Симанский) (1753—1758)
- Геннадий (Драницын) (1758—1760)
- Адриан (1761—1766)
- Варлаам (Синьковский) (1767—1773)
- Пахомий (Поляница) (1773—1775)
- Вонифатий (1775—1778)
- Нектарий (Чернявский) (1778—1789)
- Евгений (Романов) (1789)
- Евгений (Резанцов) (1794)
- Виктор (Прокопович-Антонский) (1794—1799)
- Иустин (Вишневский) (1799)
- Вениамин (Жуков) (1800)
- Ираклий (Евреинов) (1800—1804)
- Евграф (Музалевский-Платонов) (1804—1808)
- Геннадий (Челноков) (1808—1810)
- Иона (Васильевский) (1810—1812)
- Леонид (Зарецкий) (1812—1813)
- Филарет (Амфитеатров) (1813—1817)
- Григорий (Постников) (1817—1822)
- Геннадий (Баранович) (1822—1825)
- Гавриил (Игнатьев) (1825—1839)
- Агапит (Введенский) (1839—1852)
- Гедеон (октябрь 1852—1883[6])
- Сергий (Свешников) (1883—1896)
- Михей (Алексеев) (1897—1901)
- Геронтий (Кургановский) (март 1902 — 26 ноября 1903)
- Нифонт (1907—1908)
- Иннокентий (Бобцов) (1915—1920)
Наместники:
- митрополит Питирим (Нечаев) (1989 — 4 ноября 2003)
- Феоктист (Дорошко) (2003—2004) в/у
- Сергий (Воронков) (с 24 декабря 2004)